この時期は東京、名古屋、大阪を中心に大企業に対する課税が多く行われていたため、更正所得額100億円を超える巨額課税が多く発生していました。
課税対象となった会社とその業種を見ると、自動車や電子機器といった分野での日本を代表する大企業が対象となり、対象取引はロイヤルティや役務提供取引が中心となっていることが見受けられます。
このことから、無形資産取引をターゲットとして、日本親会社が生み出してきた無形資産の価値を重視し、海外で成功する企業に対し所得の移転に着目したことが想像されます。

無形資産を含む取引を検証するため独立価格基準法、再販売価格基準法、原価基準法（基本三法）が適用できず、残余利益分割法が多く採用されたのもこの時期です。
2004年度税制改正において取引単位営業利益法（ＴＮＭＭ（=Transcational Net Margin Method））が採用され、取引単位営業利益法による移転価格課税が本格化されるまで、残余利益分割法によって多くの課税事例を積み重ねられたと考えられます。

次に、図表1-3は2009事務年度以降の課税事例ですが、対象取引として棚卸資産取引が増えてきています。課税対象は依然として日系企業が中心ですが、更正所得額は以前と比べ小さくなりました。

また、対象取引も2008事務年度まで目立っていたロイヤルティ取引や役務提供取引から、棚卸資産取引が目立つようになってきています。移転価格調査のトレンドが、大企業の無形資産取引から、中小企業の棚卸資産取引へ徐々にシフトしてきている傾向がうかがえます。
その背景には、多くの大企業では、2008事務年度までの巨大課税の報道を受けて、自主的に移転価格税制への対策を進めてきていることが考えられす。移転価格ポリシーの策定を進め、また後述する二国間事前確認などの制度を利用して、移転価格課税リスクを軽減していると推測されます。