日本では「独立企業間価格を算定するために必要と認められる帳簿書類」を遅滞なく提示又は提出しなかった場合、調査官に独立企業間価格を推定して所得金額を決定して更正（推定課税）を行う権限および、国外関連取引と同種の事業を行う非関連者に対して質問検査（シークレットコンパラブル）を行う権限を付与していました。しかし、「帳簿書類」が何を指すのかを示す明確な規定がありませんでした。2010年度税制改正により、独立企業間価格を算定するために必要と認められる書類が規定されることになりましたが、罰則規定までは設けられていないため、移転価格文書の作成の義務化までは至っておらず、間接的な義務化といわれています。